Die bisher früheste, gesicherte Kunde vom Bestehen einer Pfarrkirche in Kerkingen ist vom 8. März 1336 datiert. Das Patronatsrecht übte damals Graf Ludwig VI. von Oettingen aus. Die heutige Kirche St. Ottilia wurde in den Jahren um 1470- 1490 erbaut. Die damals vorhandene Kirche, welche ebenfalls schon der St. Ottilia geweiht war, wurde abgebrochen. Die Barockisierung der Pfarrkirche erfolgte hauptsächlich in den Jahren 1778 – 1781. Verschiedene Figuren und Ausstattungen sind aus dieser Zeit oder kurz vorher für diese Kirche hergestellt worden. In der alten Oberamtsbeschreibung des Oberamtes Neresheim von 1872 wird beschrieben, dass die beiden barocken Seitenaltäre noch vorhanden sind, während der Hochaltar im neugotischen Geschmack im Chor aufgestellt wurde. Bei einer Innenrestaurierung in den Jahren 1883 – 1886 wurden u. a. die Deckenmalereien von Anton Wintergerst übermalt bzw. komplett überstrichen.

Seit 1812 gehört die Pfarrei Kerkingen zum neuerrichteten Generalvikariat Ellwangen im Königreich Württemberg, seit 1817 zum Bistum Rottenburg und danach zum Dekanat Neresheim. Die Katholikenzahl wuchs im 19. Jahrhundert stark an, und deshalb musste die Kirche im Jahre 1970 angebaut werden. In diesem Zusammenhang wurde die gesamte Kirche renoviert. Bei dieser umfassenden Restaurierung und Umgestaltung des Innenraumes (Verbreiterung des Chorbogens, Vergrößerung der Empore, neue Einrichtungsgegenstände usw.) wurden auch verschiedene Gemälde wieder freigelegt bzw. ausgebessert.

30 Jahre später, im Jahre 2002,  fand die nächste größere Rennovation statt. Für das Jahr 2003 ist eine Außenrennovation vorgesehen.